أصبحت النمذجة الجزيئية وتطبيقاتها المختلفة من العلوم الهامة والقائمة بذاتها والتى تخدم البحث العلمى فى العلوم الصيدلية فى العديد من التخصصات كما تتيح أيضا تصميم المركبات الدوائية وإجراء المسح الافتراضى البيولوجى وتحديد المستقبلات المختلفة ودراسة المركبات المختلفة . ومما لا شك فيه أن النمذجة الجزيئية ذات أهمية كبيرة للأبحاث العلمية بالأقسام المختلفة فى مجالات الكيمياء العضوية والصيدلية الدوائية والحيوية وكيمياء العقاقير وغيرها.